El virus ataca principalmente a Bóvidos (bovinos, cebúes, búfalos domésticos, yaks), ovinos, caprinos, porcinos, todos los rumiantes salvajes y suinos. Los camélidos (camellos, dromedarios, llamas, vicuñas) tienen baja susceptibilidad. Independiente de ello no existen diferencias en cuanto a edad, razas y tipos de animales. El período de incubación es de 2-14 días.

Bovinos
En el ganado bovino los signos característicos son: pirexia, lasitud, anorexia, salivación excesiva, chasquido de labios y babeo, acompañado esto, por la formación, ruptura y erosión de las vesículas o aftas bucales. Cuando están afectadas las patas, se presenta cojera. La lactación se encuentra disminuida y son comunes los abortos y la mastitis. La mortalidad en los animales jóvenes puede llegar a ser hasta de un 50%, aunque en adultos pocas veces es mayor del 5%. La recuperación suele producirse en un plazo de 8-15 días. Las complicaciones más comunes son; erosiones de la lengua, superinfección de las lesiones, deformación de los cascos, mastitis y disminución permanente de la producción de leche, miocarditis, aborto. (ver imágenes)

Ovinos y caprinos
Las lesiones son menos pronunciadas. Las lesiones en los pies pueden pasar desapercibidas. Lesiones en las almohadillas dentarias de los ovinos. La agalaxia es característica en ovinos y caprinos lecheros. Muerte de los animales jóvenes.

Porcinos
Los suinos presentan muchos signos similares; la cojera con una marcha insegura puede ser evidente. El período de incubación es de 1 a 5 días o más. Pueden desarrollar graves lesiones en los pies, sobre todo cuando se encuentran en locales de superficie dura. Es frecuente una alta mortalidad en los lechones. (ver imágenes)

Lesiones
Las vesículas o aftas no son patognomónicas para la FA, puesto que en la EV también se presentan, lo mismo que en el ExV y la EVC. Las lesiones vesiculares clásicas pueden no estar presentes y cuando se presentan, usualmente se rompen dejando una superficie erosionada, hemorrágica y granular en la mucosa bucal y nasal, así como también en los epitelios de las patas y otras regiones. A la necropsia se pueden encontrar lesiones gastrointestinales, particularmente del rumen. En casos esporádicos aparecen lesiones en el peritoneo, vulva o escroto. En los terneros se puede observar el corazón atigrado (lesiones miocárdicas grises, amarillas o blancas). En el cerdo y ovejas las lesiones linguales son generalmente más pequeñas que las de los bovinos.