El diagnóstico de la FA se puede realizar mediante el estudio; clínico, epidemiológico y laboratorio. Esto debido a que la FA presenta signología clínica similar a todas las enfermedades vesiculares y otras que pueden ser confundidas. Por ello es que el diagnóstico debe tener siempre un carácter diferencial.

Diagnóstico Clínico

La severidad de los signos clínicos varía según el serotipo del virus, la dosis de exposición, edad, raza del animal, especie y grado de inmunidad de los hospederos. Lo sígnos van desde leves o inaparentes hasta severos. La morbilidad puede alcanzar un 100%. La mortalidad generalmente es baja en individuos adultos (1 – 5%), pero mayor en teneros jóvenes, corderos y lechones (20%). La recuperación cuando no hay complicaciones tarda cerca de 2 semanas.

Además de la signología clásica como hipertermia, sialorrea y falta de apetito, etc. lo más importante son las lesiones que son de similar características para tanto para la FA como para otras enfermedades vesiculares. Las cuales presentan durante su evolución características de tipo vesicular, necrótico, ulcerativo y fibrilar. Las que pueden ser confundidas con lesiones causadas por otros agentes.

En las vesículas o aftas, la reacción inflamatoria es, primero de carácter seroso, luego exudativo y cuando se rompen las vesículas son seguidas de ulceraciones y cicatrización de la cavidad bucal, espacio interdigital, rodete coronario y ubres. Muy rara vez ocurren en esófago, faringe, laringe, traquea, rumen (pilares), surco esofágico, vulva.

En los casos de aftosa maligna hay presencia de degeneración miocárdica de tipo séreo hialino y fragmentario, corazón flácido, pálido.

Diagnóstico Diferencial

La FA puede ser indiferenciable de otras enfermedades vesiculares como:

• Estomatitis vesicular  (ocure en bovinos, equinos y cerdos).
• Enfermedad vesicular del cerdo  (ocurre sólo en cerdos).
• Exantema vesicular del cerdo  (ocurre sólo en cerdos).

Otras enfermedades pueden ser confundidas con enfermedades vesiculares, especialmente durante los estados clínicos más avanzados.

• Enfermedad de las Mucosas / Diarrea Viral Bovina. 
• Rinotraqueítis Infecciosa Bovina.
• Peste Bovina. 
• Lengua Azul. 
• Ectima Contagioso. 
• Mastitis Bovina.
• Estomatitis Papulosa Bovina.
• Peste de los Peuqeños Rumiantes. 

Si bien algunas de las leciones orales no son vesiculares, pueden ser confundidas con antiguas lesiones de FA. Entre las enfermedades menciondas sólo Lengua Azul provoca lesiones podales. Otras enfermedades que pueden confundirse con FA son:

• Dermatophilus y otros tipos de estomatitis micóticas.
• Dermatitis fototoxicas con formación de vesículas por contacto con plantas de la familia Umbelliferae (parsnips, parsley and celery).
• Químicos irritantes.
• Foot rot.
• Lesiones traumáticas en hocico o patas.

Diagnóstico de Laboratorio

Muestras:

• 1 gramo de tejido de una vesícula recientemente abierta. Generalmente obtenido de la lengua, mucosa bucal o pata.
• Las muestras de epitelio deben ser colectadas y transportadas en un medio compuesto por  igual cantidad de glicerol y 0.04 M de buffer fosfato, pH 7.2–7.6, preferentemente con adición antibióticos (Penmicilina 1000 UI, Sulfato de Neomicina 100 UI, Sulfato de Polimixina B 50 UI, Micostatina 100 UI).
• Fluido esofágico-faríngeo obtenido por sonda esofágica. Las muestras deben ser congeladas a -40°C inmediatamente después de recogidas.

  Identificación del Agente:

Para la identificación del agente viral se utilizan dos pruebas ELISA y Prueba de Fijación del Complemento

Aislamiento del virus:

Inoclulación en células primarias tiroídeas de bovinos y células primarias renales de porcinos, terneros y corderos; inoculación de líneas celulares BHK-21 e IB-RS-2; inoculadas en ratones de 2 a 7 días previos al destete.

Una vez que se completan los efectos citopáticos los fluidos cultivados (o tejido músculo- esuquelético de ratones muertos) pueden ser usados en la Prueba de Fijación de Complemento, ELISA o PCR.

Reacción en cadena de la Polimerasa en Transcripción Reversa (RT-PCR): El genoma viral de la FA se puede detectar por medio de la técnica del PCR. Esta técnica tiene la ventaja que no requiere la presencia del virus vivo y por lo tanto el RNA viral de la FA se pueda identificar en material inerte o mal preservado. La técnica es extremadamente sensible y puede identificar genoma viral de la FA cuando el virus está presente escasamente al inicio la infección en cultivo de tejido.

También se puede utilizar Microscopio Electrónico para examinar el material de lesión.

Para las pruebas serológicas se utiliza; ELISA y Prueba de Neutralización Viral

ELISA: Esta prueba requiere el empleo de antisueros de conejo contra el antígeno 146S de siete tipos de virus de la fiebre aftosa, utilizados a concentraciones óptimas predeterminadas en solución tampón de carbonato/bicarbonato (pH 9.6).

Neutralización Viral (NV): El micrométodo cuantitativo de neutralización viral (NV) para la detección de anticuerpos contra el virus de la fiebre aftosa se realiza sobre células IB-RS-2, BHK-21 o células de riñón de cordero o de cerdo, en placas de microtitulación con pocillos de fondo plano.

La prueba de Fijación del Complemento (FdC) puede ser utilizada para la cuantificación de anticuerpos tempranos. Para ello se deben mezclar diluciones conocidas del suero con unidades de fijación del complemento específico para la FA.