El diagnóstico de la FA se puede realizar mediante el estudio; clínico, epidemiológico y laboratorio. Esto debido a que la FA presenta signología clínica similar a todas las enfermedades vesiculares y otras que pueden ser confundidas. Por ello es que el diagnóstico debe tener siempre un carácter diferencial.

Diagnóstico Clínico

Además de la signología clásica como hipertermia, sialorrea y falta de apetito, lo más importante son las lesiones que son de similar característica para la FA y EV. Las cuales presentan durante su evolución características de tipo vesicular, necrótico, ulcerativo y fibrilar. Las que pueden ser confundidas con lesiones causadas por otros agentes.

En las vesículas o aftas, la reacción inflamatoria es, primero de carácter seroso, luego exudativo y cuando se rompen las vesículas son seguidas de ulceraciones y cicatrización de la cavidad bucal, espacio interdigital, rodete coronario y ubres. Muy rara vez ocurren en esófago, faringe, laringe, traquea, rumen (pilares), surco esofágico, vulva.

Clínicamente indiferenciable			Otros diagnósticos diferenciales
Estomatitis vesicular			Peste bovina
Enfermedad vesicular del cerdo			Enfermedad de las mucosas
Exantema vesicular del cerdo			Rinotraqueítis infecciosa bovina
			Lengua azul
			Mastitis bovina
			Estomatitis papulosa bovina
			Diarrea viral bovina

Diagnóstico epidemiológico

Se basa en la conducta epidemiológica de la enfermedad en los rebaños susceptibles. Por consiguiente es importante conocer la distribución geográfica de las enfermedades vesiculares, lo que puede ayudar en la orientación del diagnóstico.

La distribución de la FA es mundial (grafico 2003), pero grandes esfuerzos se han realizado para eliminar la enfermedad de Europa y el cono sur de América. En América del Norte y Central, así como Australia (1872) y Nueva Zelanda (donde nunca hubo), la FA no ha ocurrido en largos períodos de tiempo. Otros países que se encuentran libres de la fiebre aftosa son; Japón, Escandinavia, Islas Fidji, Groenlandia, Inlandia, Irlanda del Norte y República de Irlanda.

En relación a los serotipos el O, A y C tienen una amplia distribución mundial causando epizootias en América del Sur, Europa, Asia y África. Los tipos SAT1, SAT2, y SAT3 están presentes en África, aunque también el virus SAT1 ha sido detectado en oriente Medio, Turquía y Grecia. El virus Asia1 se encuentra sólo en Asia u Oriente Medio encontrándose focos en Turquía (1973) y Grecia (1984).

Diagnóstico de laboratorio

Esta orientado a la confirmación de los diagnósticos clínico y epidemiológico, identificando el virus causante de la enfermedad con la indicación de tipo y subtipo.

Para la identificación del agente viral se utilizan dos pruebas; ELISA y Prueba de Fijación del Complemento

Para el aislamiento del virus: inoculación de células primarias tiroídeas de bovinos y células primarias renales de porcinos, terneros y corderos; inoculación de líneas celulares BHK-21 e IB-RS-2; inoculación de ratones

Para las pruebas serológicas se utiliza; ELISA y Prueba de Neutralización Viral

ELISA: Esta prueba requiere el empleo de antisueros de conejo contra el antígeno 146S de siete tipos de virus de la fiebre aftosa, utilizados a concentraciones óptimas predeterminadas en solución tampón de carbonato/bicarbonato (pH 9.6).

Neutralización Viral (NV): El micrométodo cuantitativo de neutralización viral (NV) para la detección de anticuerpos contra el virus de la fiebre aftosa se realiza sobre células IB-RS-2, BHK-21 o células de riñón de cordero o de cerdo, en placas de microtitulación con pocillos de fondo plano.

La prueba de Fijación del Complemento (FdC) puede ser utilizada para la cuantificación de anticuerpos tempranos. Para ello se deben mezclar diluciones conocidas del suero con unidades de fijación del complemento especifico para la FA.

Reacción en cadena de la Polimerasa (PCR): El genoma viral de la FA se puede detectar por medio de la técnica del PCR. Esta técnica tiene la ventaja que no requiere la presencia del virus vivo y por lo tanto el RNA viral de la FA se pueda identificar en material inerte o mal preservado. La técnica es extremadamente sensible y puede identificar genoma viral de la FA cuando el virus está presente escasamente al inicio la infección en cultivo de tejido.

Para la recolección de muestras para laboratorio se incluyen los siguientes especimenes: líquido esófago-faríngeo obtenido con un extractor esófago-faríngeo de Rautmann, depositado en un medio de cultivo de tejidos estéril, que contenga antibiótico; líquido vesicular recogido por técnicas asépticas en un recipiente estéril, raspado de la lesión o epitelio desprendido, puesto en un medio de cultivo de tejido con antibiótico; sueros pareados individuales o suero de animales separados, tomados en los primeros y últimos estadíos de la enfermedad. Todos los especimenes son congelados inmediatamente (preferentemente) para su envío, o puesto en glicerol. Las muestras en hielo seco deben ser perfectamente selladas para prevenir la introducción de CO2 que pueda causar una reducción en el pH y la destrucción de la infectividad del virus.