La Fiebre Aftosa es causada por un virus perteneciente a la familia Picornaviridae, género Aphthovirus, el cual posee siete serotipos distintos: A, O, C, SAT1, SAT2, SAT3 y Asia1. Todos estos serotipo producen una enfermedad clínicamente indiferenciable, pero inmunológicamente distinta. No existe inmunidad cruzada entre los distintos sertoipos.

Los picornavirus están conformados por una cápside desprovista de envoltura lipoproteica, de configuración icosaédrica y diámetro entre 22-30 nm. En su interior contiene una molécula de RNA y 60 copias de cada uno de sus polipéptidos estructurales (VP1, VP2, VP3 and VP4). Entre estos VP1 contiene el determinante antigénico importante en la estimulación de anticuerpos neutralizantes en el hospedero infectado.

Dentro de cada serotipo se han indentificado cepas diferentes entre si, las cuales se agrupan en subtipos de acuerdo a su estructura. Existe inmunidad cruzada entre los diversos subtipos dentro de un mismo serotipo, pero el grado de inmunidad no es idéntico para todos ellos, variando en intensidad y en duración.

El virus es sensible tanto a las condiciones ácidas, como alcalinas. Es más estable entre pH 7.4  a 7.6  y es inactivado rápidamente bajo pH 4 o sobre pH 11. El virus es capaz de mantener su infectividad entre pH 6.7 y  9.5 a temperaturas de 4° C o menos. Este rango se estrecha a medida que la temperatura se eleva.

El efecto de la temperatura en la infectividad viral es influenciada por el medio de suspención donde se encuentre. La materia orgánica provee cierta protección contra la inactivación. A temperaturas de congelación el virus se mantiene estable casi indefinidamente. Inlcuso a 4° C puede mantener su infectividad por más de un año. A temperatura ambiente (22° C) puede mantener su infectividad entre 8 a 10 semanas y 4 a 10 días a 37° C. Por sobre tales temperaturas la inactivación es más rápida. Por ejemplo a 56° C por 30 minutos son suficientes para inactivar el virus.

La luz solar afecta débilmente al virus. La inactivación por causas medioambientales se relacionan más con los efectos de la desecación (menor al 60% de humedad relativa) y temperatura. Las formulaciones ácidas o alcalinas son las más efectivas como métodos de desinfección.

Temperatura	Preservado por refrigeración, congelación y progresivamente inactivado por temperaturas superiores a 50°C.
pH	Inactivado a pH <6,0 o >9,0.
Desinfectantes	Inactivado por hidróxido de sodio (2%), carbonato de sodio (4%), y ácido cítrico (0,2%). Resistente a los yodóforos, a los compuestos cuaternarios de amonio, hipoclorito y fenol, especialmente en presencia de materia orgánica.
Supervivencia	Sobrevive en los ganglios linfáticos y la médula ósea con pH neutro, pero se destruye en los músculos a pH <6,0, es decir después del rigor mortis. Puede persistir en forraje contaminado y en el medio ambiente hasta un mes, según la temperatura y el pH.