El agente de la FA es un virus perteneciente a la familia picornavirudae. Esta familia la conforman los géneros rhinovirus, enterovirus, aphthovirus, cardiovirus y hepatovirus (hepatitis A).

Los picornavirus están conformados por una molécula de ARN, una capside desprovista de envoltura lipoproteíca de configuración icosaédrica y diámetro entre 22-30 nm. La diferencia entre los géneros se establece por sus propiedades físico-químicas como estabilidad al pH, densidad de flotación en cloruro de cesio y coeficiente de sedimentación.

En relación al pH, los enterovirus, cardiovirus, virus Theiler y hepatitis A son estables a pH 3 o menor, en cambio los rhinovirus y aphthovirus son lábiles a pH > 6. Esta diferencia es probablemente resultado de la adaptación a la forma de vida de los virus, mientras los enterovirus deben atravesar el ambiente estomacal para dirigirse a su hábitat en el intestino, los rhinovirus y aphthovirus se replican en la región nasal y orofaringea, donde no necesitan la estabilidad a la acidez. Esta es una desventaja aparente para el aphthovirus pues se encuentra entre los virus más contagiosos conocidos.

También esta familia difiere en cuanto a la densidad de flotación, mientras los enterovirus y cardiovirus presentan bandas de densidad de 1,34 g/ml, el rhinovirus y aphthovirus lo hacen de 1,43 a 1,45 g/ml. Esto tiene relación con el contenido de ARN, siendo estos últimos los que contienen ARN en porcentajes de 30% a 35%.

El agente causal de la FA, se clasifica como un virus de la familia Picornaviridae, género Aphthovirus, el cual posee siete serotipos inmunológicamente distintos: A, O, C, SAT1, SAT2, SAT3 y Asia1. (ver más información)

La principal característica de este género es la gran diversidad antigénica. Cada serotipo incluye numerosos subtipos y centenares de cepas diferentes con cierto grado de protección cruzada. Esta diversidad tiene gran valor en el control de la enfermedad, exigiendo una vigilancia epidemiologica constante y vacunas con componentes inmunológicos perfectamente identificados con la cepa del virus de campo actuante.

Vallée y Carré en 1922, en Francia, observaron la presencia de dos tipos distintos del virus, distinguiendo entre ellos dos serotipos, el Vallé O (aislado en Oise) y el Vallée A (aislado en Ardennes desde animales provenientes de Alemania).

Por su parte, Waldmann y Trautwein en Isee Reims, Alemania en 1926 reconocieron una tercera variedad del virus que se denominó Waldmann C. Mas tarde en 1948 cepas proveniente de África fueron estudiadas por Brooksby, quien descubrió dos nuevos serotipos SAT1 (Souther African Territories) procedente de bechualanand y el SAT2 de Rodesia, para luego en 1953 aparecer el SAT3 en la misma zona.

Finalmente en 1957 se descubrió el último de los sub tipos ASIA1 en Pakistán.

Resistencia del virus a la acción física y química: